| 八王子支社豊田車両センター 「八トタ」 | |||||
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| M編成（3両） 300番台 中央本線運用編成 |
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3両編成 （M1～M12編成） ／ 12編成 横須賀線色 2015.02 .21廃車回送 |
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| M40編成（6両） 300番台 波動輸送対応編成 |
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6両編成 （M40編成） ／ 1編成 横須賀線色 2014.01 廃車 |
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| 長野支社長野総合車両センター 「長ナノ」 | |||||
| C編成（6両） 300、1000番台 中央本線 運用編成 |
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6両編成 （C1～C14） ／ 14編成 長野色 中央本線、篠ノ井線 C3編成は2015年新潟へ転出、2015.11.25 最後のC1編成廃車 |
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| N編成（3両） 1000番台 中央本線・信越本線 運用編成 |
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3両編成 （N1～N14、N16、N21～N26、N28～N33） ／ 27編成 長野色 （訓練車のN15編成を除く） 中央本線、篠ノ井線、信越本線、大糸線、飯田線、しなの鉄道線 新潟へ転出、しなの鉄道に譲渡、2015.9.25 最後のN4編成廃車 |
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| 高崎支社高崎車両センター 「髙タカ」 | |||||
| T編成（3、4両） 1000番台 上越線・信越本線 運用編成 |
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4両編成 （T1044、T1090、T1091、T1133、T1142～T1147、T1159） ／ 11編成 ／ 湘南色 3両編成 (T1022、T1030、T1032、T1036～T1041、T1043、T1046) ／ 9編成 ／ 湘南色 上越線、信越本線、吾妻線、両毛線、東北本線 2018.3.16 ですべての定期運用を終了、新潟へ転出または廃車 |
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| 新潟支社新潟車両センター 「新ニイ」 | |||||
| S編成（2両） 500,1000、1500番台 信越本線・上越線 運用編成 |
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2両編成 （S1～S15） ／ 15編成 新潟二次色 信越本線、上越線、白新線、弥彦線 2016.7 に定期運用を終了、8月に最後のS4-6、8編成が廃車 |
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| N編成（3両） 1000、2000番台 信越本線・上越線 運用編成 |
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3両編成 （N1～N32） ／ 32編成 － 2017.06までに廃車 長野より転入 (N33～N38、N40) ／ 7編成 新潟二次色、新潟三次色、湘南色 信越本線、上越線、白新線、弥彦線 |
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| L編成（4両） 0、1000、2000番台 信越本線・上越線 運用編成 |
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4両編成 （L1～L14） ／ 14編成 新潟二次色、新潟三次色、湘南色 信越本線、上越線、白新線、弥彦線 2016.3 に全編成が運用を終了、5月に最後のL8編成が廃車 |
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