| 大宮支社浦和電車区 「宮ウラ」 | |||||
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| 0番台 京浜東北線・根岸線 運用編成 |
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10両編成 （第1 〜 第78編成） ／ 78編成 全編成新製 2010年1月をもって定期運用を終了 |
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| 500番台 京浜東北線・根岸線 運用編成 |
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10両編成 （第80 〜 第84編成） ／ 5編成 全編成中央・総武緩行線より転入 2008年に4本が京葉線に、2009年に1本が中央・総武緩行線に転出 全編成定期運用終了 |
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| 横浜支社中原電車区 「横ナハ」 | |||||
| 0番台 南武線運用編成 |
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6両編成 （第1、第32編成） ／ 2編成 全編成新製 第1編成は2009年9月定期運用終了、その後廃車 |
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| 2200番台 南武線運用編成 |
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6両編成 （第52 〜 第54編成） ／ 3編成 全編成0番台からの改造 |
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| 八王子支社三鷹車両センター 「八ミツ」 | |||||
| 500番台 中央・総武緩行線運用編成 |
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10両編成 （第501 〜 第516編成） ／ 16編成 全編成新製 (習志野運輸区当時、他にラシ67編成新製→浦和) 501〜512編成 (習志野運輸区→三鷹車両センター) 513、514編成 (習志野運輸区→三鷹車両センター→浦和電車区) 515編成 (習志野→三鷹→浦和→三鷹→浦和) 516編成 (習志野→浦和→三鷹) |
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| 八王子支社豊田車両センター 「八トタ」 | |||||
| 1000番台 中央線快速運用編成 |
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10両編成 （第81 〜 第82編成） ／ 2編成 2018年10月、松戸車両センターより転属 |
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| 千葉支社京葉車両センター 「千ケヨ」 | |||||
| 500番台 京葉線運用編成 |
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10両編成 （第31 〜 第34編成） ／ 4編成 全編成京浜東北線より転入 第31〜第33編成は武蔵野線へ転用 |
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| 500番台 武蔵野線運用編成 |
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8両編成 （M-71〜M-73編成） ／ 3編成 全編成京葉線運用編成から転用 |
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| 大宮支社川越車両センター 「宮ハエ」 | |||||
| 3000番台 八高線・川越線運用編成 |
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4両編成 （第61 〜 第64編成） ／ 4編成 全編成新製 |
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| 3100番台 八高線・川越線運用編成 |
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4両編成 （第71 〜 第72編成） ／ 2編成 東京臨海高速鉄道70-000形6両をJR東日本が購入し改造、 さらに不足する中間車2両を新製した |
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| 3500番台 八高線・川越線運用編成 |
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4両編成 （第51 〜 第55編成） ／ 5編成 中央・総武緩行線用の209系500番台を改造 |
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| 東京支社松戸車両センター 「東マト」 | |||||
| 1000番台 常磐緩行線運用編成 |
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10両編成 （第81 〜 第82編成） ／ 2編成 全編成新製 2018年10月、豊田車両センターへ転属 |
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| 千葉支社幕張車両センター 「千マリ」 | |||||
| 2000、2100番台 総武本線・房総各線等 運用編成 |
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4両編成 （C-401〜C-442編成、2000,2100番台混成） ／ 42編成 6両編成 （C-601〜C-626編成、2000番台） ／ 26編成 全編成京浜東北線から改造 |
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