| 東京支社田町車両センター 「東チタ」 | |||||
| 0、2000番台 N編成（10両、5両） 東海道本線運用編成 |
 |
10両編成(0番台) （N1 〜 N6編成） ／ 6編成 10両編成(2000番台) （N21〜N26、N31、N32編成） ／ 8編成 5両編成(2000番台) （N51 〜 N64編成） ／ 14編成 2012年4月をもって定期運用を終了 |
|||
| 高崎支社高崎車両センター 「高タカ」 | |||||
| 3000番台 C編成(10両) 高崎線・東北本線運用編成 |
 |
10両編成 （C1 〜 C17編成） ／ 17編成 2017年度までに、組み替え、転出、廃車。 高崎は C編成（6両）、A編成（4両）、長野転出は N編成（3両） |
|||
| 1000、3000番台 A、B編成(5両) 高崎線・両毛線運用編成 |
 |
5両編成(3000番台) （A1、A23〜A28、A30〜A34、A36、A37編成） ／ 14編成 5両編成(1000番台) （B1 〜 B11編成） ／ 11編成 2017年度までに、組み替え、転出、廃車。 高崎は A編成（4両）、長野転出は N編成（3両） |
|||
| 3000番台 A編成（4両）、C編成(6両) 両毛線・吾妻線運用編成 |
 |
4両編成（A編成) （A2、A3、A9、A10、A25〜A28、A30〜A34、 A36、A37、A51、A52、A56〜A61編成） ／ 23編成 6両編成(C編成) （C2、C4、C6、C8、C13、C15、C17編成） ／ 7編成 |
|||
| 千葉支社幕張車両センター 「千マリ」 | |||||
| 3000番台 総武線・成田線運用編成 |
 |
5両編成 （第401、405〜408、501〜509編成） ／ 14編成 2013年3月をもって運用終了 |
|||
| 長野支社長野総合車両センター 「長ナノ」 | |||||
| 1000、3000番台 中央本線・篠ノ井線運用編成 |
 |
3両編成 (1000番台) （N317〜N327編成） ／ 11編成 3両編成 (3000番台) （N301〜N316、N331〜N339編成） ／ 25編成 幕張車両センター及び高崎車両センター所属の一部車両を改造 |
|||
| 0、2000番台 中央本線・篠ノ井線運用編成 |
 |
6両編成 (0番台) （N601〜N606編成） ／ 6編成 6両編成 (2000番台) （N607〜N614編成） ／ 8編成 旧田町車両センター所属の一部車両を改造 |
|||
