| 鉄道事業本部 苗穂運転所 「札ナホ」 | |||||
| 札沼線・函館本線 運用 |
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キハ40形300番台4両（301-304）、330番台2両（331,336）、400番台2両（401,402）、700番台6両（817,819,820,822,823,825）と、1700番台5両（1790,1816,1818,1821,1824）計19両が配置されている。400番台は札沼線末端部、700・1700番台は函館本線の普通ワンマン列車で使用される。300・330番台は札沼線用として用いられたが、札沼線桑園-北海道医療大学間の全面電化開業以降定期運用を持っていない。 | |||
| 鉄道事業本部 苫小牧運転所 「札トマ」 | |||||
| 室蘭本線・千歳線・ 石勝線運用 |
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キハ40形350番台10両（351-360）、700番台1両（789※保留車）と、1700番台18両（1701,1703-1706,1715,1762,1763,1767,1771,1772,1780,1783-1788）計29両が配置。室蘭本線・千歳線・石勝線・函館本線の普通ワンマン列車に使用される。350番台車はもともと日高本線の専用車だったが、2015年1月8日に起きた高波による土砂流出等の影響で、鵡川-様似間が不通となっているため、現在は1700番台と同様の運用に用いられている。 | |||
| 釧路支社 釧路運輸車両所 「釧クシ」 | |||||
| 釧網本線・根室本線 運用 |
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2018年4月1日現在の所属車両は、キハ40形700番台4両（739,757,777,781）、1700番台26両（1709,1722,1723,1737,1738,1740-1742,1749,1751,1752,1754-1756,1758-1760,1765,1766, 1768,1774-1776,1778,1779，1797）の計30両。主に、釧網本線・根室本線で運用される。 |
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| 旭川支社 旭川運転所 「旭アサ」 | |||||
| 石北本線・宗谷本線 ・富良野線運用 |
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2018年4月1日現在の所属車両は、キハ40形700番台（708,721,726,729,730,732,733,746 ,826-830,832-834）と、1700番台（1707,1711,1712,1714,1716,1720,1724,1725,1727,1735 ,1736,1744,1745,1747,1761,1791）が各々16両ずつの計32両。定期列車では函館本線（旭川-滝川間）、石北本線、宗谷本線（旭川-音威子府間）、釧網本線（網走-緑間）、富良野線の普通ワンマン列車・快速ワンマン列車で運用される。 | |||
| 函館支社 函館運輸所 「函ハコ」 | |||||
| 函館本線運用 |  |
2018年4月1日現在の所属車両は、キハ40形700番台6両（734,802,808,831,835,837）、1700番台10両（1792,1800,1801,1803-1806,1809,1811,1813）の計16両。函館本線の普通ワンマン列車で運用される。なお、江差線の道南いさりび鉄道への転換に伴い、2015年度に同鉄道へ機関換装・特別保全工事施工済みの1700番台車9両（1793,1796,1798,1799,1807,1810,1812,1814,1815）が譲渡され、同所を拠点に運用されている。 | |||
